A Diretoria do Instituto conta com o apoio de algumas comissões específicas como:
Comissão de Administração do Espaço Físico
Comitê para a Criação, Estruturação e Implementação de uma Coordenação de Pesquisa no IMECC
Comissão Permanente para o Recrutamento de Aluno de Graduação
Comissão Setorial de Acompanhamento de Recursos Humanos
Comissão de Publicação
Comissão de Informática
Comissão da Olimpíada de Matemática da Unicamp
Comissão do Programa de Aperfeiçoamento para Apoio aos Professores de Matemática do Ensino Médio
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